腫瘤標記應用於癌症診斷，不過只靠數值亦無法確定腫瘤是良性或惡性。同時，在腫瘤發生初期，癌細胞非常細小，腫瘤標記的數值也不明顯。腫瘤標記可以作為各種檢查的輔助診斷，或是判斷和觀察治療期間的進度和效用。若數值持續增加，有可能治療未能達到功效。相反地，若數值減少，則代表治療得到效果。
CEA
最常見的腫瘤標記是CEA，當CEA數值上升，腫瘤有可能生長在大腸、胃、肺、乳房、胰臟、卵巢、攝護腺（前列腺）等位置。不過，肝硬化、肝炎、胃潰瘍、慢性氣管炎等也會出現高數值，所以，醫生會作出進一步的診斷和檢測。CEA的標準值是5.8以下，當數值超過10mg/mL時，有可能癌細胞轉移到其他器官。
CA125
當CA125數值升高時，一般推測為婦科疾病，例如：卵巢癌、子宮癌、子宮肌瘤、子宮內膜異位症。CA125的標準值是37以下，當數值超過500U/mL時，卵巢癌的確實率會大大提高。另外，女性在生理期間和懷孕初期，數值會稍微超過標準，之後會回復到標準值。
CA19-9
CA19-9常被冠上胰臟的癌症指數，其實膽管癌、膽囊癌、膽結石、胰臟炎、婦科疾病也會引致CA19-9數值升高。CA19-9的標準值是37以下，當數值超過100時，確診為癌症的機會提高。
AFP
AFP主要是檢測肝癌、胃癌、肝功能等。肝硬化、肝炎也會引致AFP上升，若經過治療後，肝硬化或肝炎有改善，但數值未能下降，有機會是合併肝癌。AFP的標準值是10以下，當數值超過100時，確診為肝癌的機會相對提高。
PSA
PSA是攝護腺癌（前列腺癌）的腫瘤標記，當患上攝護腺肥大（前列腺肥大）時，PSA數值也會上升。PSA的標準值是4以下，但是，隨著年齡越大，PSA數值會越高，所以，單純地以數值來判斷，未能完全作準。
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